MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl6

Total Repeats: 239

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011263	CAATT	2	10	4	13	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011263	ATTC	2	8	18	25	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011263	TC	3	6	24	29	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_011263	TAT	2	6	46	51	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011263	TA	3	6	104	109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011263	ACTT	2	8	113	120	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_011263	AT	3	6	127	132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011263	TAT	3	9	130	138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011263	AT	4	8	137	144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011263	TA	4	8	158	165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011263	CAA	2	6	193	198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288466
12	NC_011263	TAAG	2	8	204	211	50 %	25 %	25 %	0 %	203288466
13	NC_011263	TAAAT	2	10	268	277	60 %	40 %	0 %	0 %	203288466
14	NC_011263	AAC	3	9	280	288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288466
15	NC_011263	GAA	2	6	302	307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288466
16	NC_011263	TC	3	6	308	313	0 %	50 %	0 %	50 %	203288466
17	NC_011263	TAA	2	6	330	335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288466
18	NC_011263	TTTA	2	8	337	344	25 %	75 %	0 %	0 %	203288466
19	NC_011263	ATA	2	6	356	361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288466
20	NC_011263	CT	4	8	377	384	0 %	50 %	0 %	50 %	203288466
21	NC_011263	TA	3	6	414	419	50 %	50 %	0 %	0 %	203288466
22	NC_011263	CTA	2	6	428	433	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288466
23	NC_011263	CAAA	2	8	445	452	75 %	0 %	0 %	25 %	203288466
24	NC_011263	T	9	9	494	502	0 %	100 %	0 %	0 %	203288466
25	NC_011263	TTA	2	6	533	538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288466
26	NC_011263	TCC	2	6	569	574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	203288466
27	NC_011263	CTTT	2	8	602	609	0 %	75 %	0 %	25 %	203288466
28	NC_011263	CCTAC	2	10	641	650	20 %	20 %	0 %	60 %	203288466
29	NC_011263	ATTTC	2	10	675	684	20 %	60 %	0 %	20 %	203288466
30	NC_011263	GTAA	2	8	828	835	50 %	25 %	25 %	0 %	203288467
31	NC_011263	T	6	6	839	844	0 %	100 %	0 %	0 %	203288467
32	NC_011263	AGC	2	6	849	854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288467
33	NC_011263	GCT	2	6	893	898	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288467
34	NC_011263	A	7	7	908	914	100 %	0 %	0 %	0 %	203288467
35	NC_011263	T	7	7	918	924	0 %	100 %	0 %	0 %	203288467
36	NC_011263	TTC	2	6	936	941	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288467
37	NC_011263	ATA	2	6	960	965	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288467
38	NC_011263	TAA	2	6	995	1000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288467
39	NC_011263	AAC	2	6	1068	1073	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288467
40	NC_011263	TAG	2	6	1076	1081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288467
41	NC_011263	ATC	2	6	1084	1089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288467
42	NC_011263	TAA	2	6	1097	1102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288467
43	NC_011263	TTA	2	6	1108	1113	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288467
44	NC_011263	ATCA	2	8	1128	1135	50 %	25 %	0 %	25 %	203288467
45	NC_011263	AT	3	6	1136	1141	50 %	50 %	0 %	0 %	203288467
46	NC_011263	TTC	2	6	1149	1154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288467
47	NC_011263	AAT	2	6	1197	1202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288467
48	NC_011263	ATC	2	6	1254	1259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288467
49	NC_011263	T	6	6	1290	1295	0 %	100 %	0 %	0 %	203288467
50	NC_011263	ATATT	2	10	1315	1324	40 %	60 %	0 %	0 %	203288467
51	NC_011263	AAGG	2	8	1352	1359	50 %	0 %	50 %	0 %	203288467
52	NC_011263	AAG	2	6	1364	1369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288467
53	NC_011263	T	6	6	1413	1418	0 %	100 %	0 %	0 %	203288467
54	NC_011263	AGA	2	6	1419	1424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288467
55	NC_011263	ATT	2	6	1441	1446	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288467
56	NC_011263	ATT	2	6	1504	1509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288467
57	NC_011263	A	6	6	1549	1554	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011263	T	6	6	1643	1648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011263	ATTTT	2	10	1650	1659	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011263	T	6	6	1656	1661	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011263	ATT	2	6	1679	1684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011263	A	7	7	1695	1701	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011263	GAG	2	6	1702	1707	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011263	T	6	6	1715	1720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011263	A	7	7	1736	1742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011263	CATTTT	2	12	1754	1765	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011263	T	6	6	1762	1767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011263	TTA	2	6	1778	1783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011263	ATT	2	6	1794	1799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011263	T	7	7	1798	1804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011263	TAA	2	6	1815	1820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011263	T	7	7	1854	1860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011263	A	6	6	1861	1866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011263	AGA	2	6	1876	1881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011263	TATTT	2	10	1894	1903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011263	T	9	9	1901	1909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011263	AT	3	6	1910	1915	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011263	AAG	2	6	1926	1931	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011263	T	6	6	1970	1975	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011263	A	6	6	1985	1990	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011263	TCC	2	6	2017	2022	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_011263	TAAA	2	8	2023	2030	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011263	ATC	2	6	2040	2045	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_011263	AAAT	2	8	2055	2062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011263	TAT	2	6	2083	2088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011263	CAT	2	6	2099	2104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_011263	TA	3	6	2139	2144	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011263	T	6	6	2167	2172	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011263	A	6	6	2189	2194	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011263	AAAC	2	8	2215	2222	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011263	TA	3	6	2264	2269	50 %	50 %	0 %	0 %	203288468
92	NC_011263	TAAA	2	8	2333	2340	75 %	25 %	0 %	0 %	203288468
93	NC_011263	CAA	2	6	2359	2364	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288468
94	NC_011263	TTAAT	2	10	2372	2381	40 %	60 %	0 %	0 %	203288468
95	NC_011263	A	7	7	2394	2400	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
96	NC_011263	CAT	2	6	2461	2466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288468
97	NC_011263	TAT	2	6	2481	2486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288468
98	NC_011263	AT	3	6	2520	2525	50 %	50 %	0 %	0 %	203288468
99	NC_011263	A	8	8	2530	2537	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
100	NC_011263	AGA	2	6	2574	2579	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288468
101	NC_011263	ATT	2	6	2580	2585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288468
102	NC_011263	A	6	6	2588	2593	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
103	NC_011263	TA	4	8	2604	2611	50 %	50 %	0 %	0 %	203288468
104	NC_011263	AGA	2	6	2622	2627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288468
105	NC_011263	A	7	7	2633	2639	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
106	NC_011263	A	6	6	2652	2657	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
107	NC_011263	A	6	6	2664	2669	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
108	NC_011263	TAG	2	6	2670	2675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288468
109	NC_011263	TA	3	6	2678	2683	50 %	50 %	0 %	0 %	203288468
110	NC_011263	TA	4	8	2688	2695	50 %	50 %	0 %	0 %	203288468
111	NC_011263	ATA	3	9	2693	2701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288468
112	NC_011263	ATA	2	6	2705	2710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288468
113	NC_011263	ACA	2	6	2733	2738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288468
114	NC_011263	ACA	2	6	2742	2747	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	203288468
115	NC_011263	A	8	8	2765	2772	100 %	0 %	0 %	0 %	203288468
116	NC_011263	A	7	7	2777	2783	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011263	A	7	7	2788	2794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011263	A	7	7	2797	2803	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011263	TAAA	2	8	2804	2811	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011263	A	7	7	2809	2815	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011263	A	7	7	2840	2846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011263	T	6	6	2852	2857	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011263	A	6	6	2861	2866	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011263	CAAA	2	8	2879	2886	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011263	CA	3	6	2890	2895	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_011263	TTA	2	6	2905	2910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011263	AGCA	2	8	2916	2923	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_011263	TAAAA	2	10	2938	2947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011263	A	6	6	2944	2949	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011263	A	7	7	2954	2960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011263	A	6	6	2968	2973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011263	TAA	2	6	3078	3083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011263	A	6	6	3207	3212	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011263	CAA	2	6	3225	3230	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_011263	T	6	6	3233	3238	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011263	AATA	2	8	3350	3357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011263	T	6	6	3379	3384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011263	A	6	6	3472	3477	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011263	A	6	6	3518	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011263	ATT	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011263	GTATG	2	10	3560	3569	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011263	ATA	2	6	3582	3587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011263	TTTTAA	2	12	3593	3604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_011263	A	6	6	3603	3608	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011263	TAA	2	6	3619	3624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011263	ATT	2	6	3628	3633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011263	A	7	7	3639	3645	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011263	T	9	9	3658	3666	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011263	T	6	6	3682	3687	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011263	AT	3	6	3809	3814	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011263	AGAAA	2	10	3832	3841	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011263	ATT	2	6	3937	3942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_011263	T	7	7	3946	3952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_011263	TAT	2	6	3980	3985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_011263	A	6	6	4034	4039	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011263	AAT	2	6	4085	4090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011263	TAAA	2	8	4111	4118	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_011263	ATT	2	6	4125	4130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_011263	ATGA	2	8	4143	4150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_011263	T	6	6	4157	4162	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_011263	TTTTC	2	10	4207	4216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_011263	T	6	6	4306	4311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011263	ATCC	2	8	4316	4323	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
167	NC_011263	ATA	2	6	4336	4341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011263	TCA	2	6	4370	4375	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_011263	TCA	2	6	4451	4456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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172	NC_011263	CAA	2	6	4620	4625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_011263	A	6	6	4675	4680	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_011263	CAT	2	6	4723	4728	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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176	NC_011263	ATT	2	6	4750	4755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011263	TTCT	2	8	4797	4804	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
178	NC_011263	ATT	2	6	4823	4828	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_011263	TAA	2	6	4894	4899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_011263	TATT	2	8	4910	4917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_011263	T	7	7	4950	4956	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_011263	ATTTA	2	10	4972	4981	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_011263	CTT	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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191	NC_011263	TTAT	2	8	5067	5074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_011263	ATA	2	6	5078	5083	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_011263	AT	3	6	5123	5128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_011263	T	6	6	5186	5191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_011263	ATA	2	6	5200	5205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_011263	TA	3	6	5239	5244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_011263	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_011263	TAA	2	6	5261	5266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.